Hindholm Privatskole blev oprettet som højskole i 1852 af Dorthea og Anders Stephansen under navnet Hindholm Høiskole. Det var en skole for voksne bonde- og husmandssønner fra Sorø og Præstø Amt. Under mottoet "På Hindholm er menneskets forædling hovedsagen" drev man en skole, inspireret af Grundtvig, som med stor interesse fulgte skolens udvikling. Hindholm Høiskole var Sjællands første og i løbet af kort tid Danmarks største.

Fra 1916 hed skolen Hindholm Kost- og Realskole. og som sådan fungerede den indtil 1975, hvor kostafdelingen blev nedlagt.
 
Fra 1975 og til i dag er Hindholm Privatskole en fuldt udbygget fri grundskole, der tilbyder undervisning fra børnehaveklasse til 10. klasse. Der er 1 spor på hvert klassetrin - i alt ca. 250 elever.
 
Skolen er en selvejende institution med en forældrevalgt bestyrelse.